残業代に関するトラブルは多いのが現状です。
一番多いトラブルは
「自分で計算した金額と違う」
「同じ残業時間なのに先月と今月で違う」
などではないでしょうか。

お金に関することは
一度信用を失うと簡単には取り返すことはできません。
上司としてはおさえておきたい所です。

残業単価の計算方法は
（基本給＋諸手当）／１ヵ月の平均所定労働時間
と就業規則上、定めているはずです。
一番の問題は、諸手当に入る手当を説明できるかどうかです。
除外できる手当は、下記の通り、労働基準法で決まっています。
①家族手当
②通勤手当
③別居手当
④子女教育手当
⑤住宅手当
⑥臨時に支払われた賃金
⑦１ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金

部下から
「どうして家族手当や住宅手当が残業単価に入らないんですか？」
と聞かれたときに
「法律で決まっているから」では答えになっていません。
「家族手当、住宅手当、通勤手当は、労働との関係が薄く、
それぞれ個人の事情によって支払われているからだよ」
と答えるのが信頼を得られる上司といえるでしょう。

よくある間違いとしては
「皆勤手当を残業単価にいれないこと」です。
除外できる手当は上記の７項目に近い手当だけです。
皆勤手当は労働に関係する手当なので、
残業単価に入ると説明するのが良いでしょう。
皆勤手当の支給によっては、同じ残業時間でも残業代は変わってきます。
また、計算方法の中の１ヵ月の平均所定労働時間を
毎月固定している会社もあれば
30日か31日の月で分けている会社もあります。

法律で決まっていることをそのまま伝えるのではなく
法律に基づき、部下が納得できる説明をするのが
上司の正しい法律知識です。