運送約款が改正され、すべての運送会社は対応しなければなりません。
ほとんどの運送会社は、国が規定する運送約款を使っていると思います。
今回の改正により以下の２点実行しなければなりません。
①運賃及び料金を設定して運輸支局に届出（平成29年11月4日から30日以内）
②国の定める新運送約款を営業所に提示

実務的な対応としては、運賃料金の変更届出を行います。
様式は、全日本トラック協会のホームページの
「標準貨物自動車運送約款」の一部改正等についてのページ
http://www.jta.or.jp/rodotaisaku/kyogikai/yakkan_kaisei.html
標準貨物自動車運送約款等の改正に伴う運賃料金設定（変更）届出様式例
をダウンロードして使用して下さい。
今まで平成２年、６年、９年、11年のどの公示に合わせて届出していたか
で様式が異なります。

ちなみに、自社独自の運賃届出をしている場合は
自社独自の運賃料金の新旧表を添付して届け出ることになります。

新しい運送約款では次の項目が改正されています。
・待機時間料・積込料・取降料などの料金を規定
・荷主要求による横待ち・縦待ち・棚入れ・配作業は実費負担として収受
・車両留置料の廃止

今回の改正で一番質問を受けているのは
「待機時間料・積込料・取降料をどう計算すればいいの？」
という料金設定についてです。
料金は各社それぞれドライバーや作業員の平均的な人件費を算出し
設定することになるでしょう。
あくまでもベースとなる料金ですので
そんなに神経質になる必要はないでしょう。
これをもとに荷主と交渉しましょうというのが国のねらいです。

確かに以前より、運賃交渉が上手くいったという話はよく聞くようになりました。
非常に喜ばしいことですが、上手くいかないという話も当然あります。
連日のように報道されるドライバーの長時間労働や過労死問題
そして深刻なドライバー不足の影響もあり
荷主の理解が進んでいるの間違いないでしょう。
しかし、運賃交渉も何の資料もなく、ただお願いするだけでは難しいのは今も変わりません。
待機時間・積込時間・取降時間を含めルートやコースの時間 をもう一度把握し
運賃交渉の資料となる良い機会と考えないといけないと思います。
（そう思わないと精神的に良くありません（笑））

私が運送会社から受ける人事・労務相談で一番多いのは給与です。
なかなか、給与や人件費の見直しはできないものです。
今回の改正をキッカケに給与や人件費の見直し
そして運賃交渉と上手くつなげていきたいところです。